El Misterio de José Luis Abellán es la suma de dos trabajos, cada uno expuesto en una parte del libro. En el primero de ellos, se da como hilo conductor una temática propiamente filosófica, en el que figura como argumento central la idea de que el ciclo histórico de la filosofía iniciado en los primeros siglos de nuestra era ha llegado hoy a su fin. De aquí la razón de usar el el término metafilosofía, para significar la necesidad de ir más allá de los viejos planteamientos y formular nuevas propuestas que den sentido a nuestra ubicación en el mundo. En el segundo trabajo, el punto temático es la historia; se analiza cómo el hombre ha ido enfrentándose históricamente al misterio que le rodea. Así, pasamos del hombre primitivo, a las mitologías, a la religión, a la filosofía y a la ciencia. El resultado final es, una vez más, que el misterio se impone como protagonista de nuestras vidas. Hay una radical convergencia entre ambos trabajos, provocada por una afinidad psicológica que se acredita en la propia evolución intelectual del autor.